L’excavation correspond à une tranchée, dont la profondeur varie selon le modèle de mur et le choix de superposer ou non un second mur. Comme pour les corbeilles géothermiques, ces tranchées dépassent rarement 4 m de profondeur, de sorte que le Code Minier ne s’applique pas non plus. Une fois les échangeurs posés, on réutilise généralement la terre mobilisée pour combler la tranchée, sauf difficultés particulières pour recompacter.